En un Estado como el español la influencia religiosa marca las políticas económicas, educativas, jurídicas, etc. en mayor o menor grado. Es por eso que desde este Movimiento Laico de Cuenca se han marcado varias líneas de trabajo y otros tantos objetivos que pretenden ir desarrollando progresivamente, incidiendo puntualmente en aspectos o cuestiones que consideren importantes para su denuncia o su visualización ante la ciudadanía conquense.
Consideran que esta nueva etapa viene a enlazar con las actividades que desarrolló la Plataforma Laica de Cuenca compuesta por diferentes organizaciones y colectivos y que perduró hasta hace tres años, destacando la puesta en marcha de campañas, dirigidas fundamentalmente a padres y madres, sobre las alternativas de la clases de religión.
Ahora este Movimiento Laico de Cuenca pone su énfasis en cuestiones como su defensa de un modelo de escuela y universidades públicas y laicas; la exigencia de un ámbito público institucional libre de simbologías particulares y reclamar que los/as responsables políticos, en función de su responsabilidad pública, no utilicen símbolos religiosos, para prometer sus cargos, ni participen, de forma oficial, en acontecimientos de carácter religioso.
Pretenden la neutralidad del Estado, eliminándose todo tipo de identificación, real o aparente, de éste, con cualquier convicción particular y debe suprimirse cualquier privilegio económico, tributario, jurídico, simbólico, etc. de las confesiones religiosas.
Reclaman como punto fuerte la clara separación entre las religiones y el Estado, y la anulación de los Acuerdos con la santa Sede, y la aprobación de una Ley de Libertad de Conciencia. Exigen la eliminación de todos los privilegios fiscales, económicos y de la casilla en el IRPF, de la que se beneficia la iglesia católica oficial. Y en tercer lugar la no financiación de los centros de enseñanza con ideario religioso o de otra naturaleza particular; la no segregación del alumnado por razón de sexo o de creencias religiosas; y que la enseñanza de la religión, salga fuera de los centros de enseñanza de titularidad pública; eliminando de los mismos todo tipo de simbología y actividad de tipo confesional.